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用于压载水的过滤系统的孔径分别为80微米和10微米。
如果进一步减小孔径或者外加小孔径的筛网，可以去除海草和大的浮游动物。但是去除体积稍小的微生物会很困难。精细筛网广泛用于近海石油工业，处理量为5000立方米每小时。
建议在压载水泵的下游安装一套相关的微过滤器可以减少压载水中的海洋生物。
它由两个以上的粗过滤器(300mm网孔)和两个以上的细过滤器(25mm网孔)组成。
过滤器用人造纤维做成，有自动自清洁过滤功能，可以安装在现有的船上或融入新设计的船体中，通过编程来控制过滤器在特定的时间间隔或压差下进行自清洁。
“粗”和“细”过滤器的自清洁分别需要不锈钢刷和真空扫描过滤器。
通常在装载压载水的港口而不是目的地港口处理过滤后的滤渣，这样可以避免引入非本土生物。
粗过滤可以去除大部分的大浮游动物，而细过滤器可以过滤掉大部分小一些的浮游动物和大、中型的浮游植物。筛孔孔径为300mm和25mm的过滤器的处理量都可达到1000立方米每小时。
